Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, liderada por el Dr. Joaquín Dopazo y ubicada en CDCA del Hospital Virgen del Rocío, Sevilla.
Línea principal de investigación sobre la que desarrollar la ayuda:
- Uso de modelos matemáticos de rutas de señalización y metabólicas para el estudio de mecanismos moleculares del cáncer y el desarrollo de terapias individualizadas.
Algunas publicaciones recientes relacionadas con esta línea de trabajo:
Cubuk C, Hidalgo MR, Amadoz A, Pujana MA, Mateo F, Herranz C, Carbonell-Caballero J, Dopazo J. Gene expression integration into pathway modules reveals a pan-cancer metabolic landscape. Cancer Res. 2018 Aug 22. pii: canres.2705.2017. Hidalgo MR, Amadoz A, Çubuk C, Carbonell-Caballero J, Dopazo J. Models of cell signaling uncover molecular mechanisms of high-risk neuroblastoma and predict disease outcome. Biol Direct. 2018 Aug 22;13(1):16. doi: 10.1186/s13062-018-0219-4. Amadoz A, Hidalgo MR, Çubuk C, Carbonell-Caballero J, Dopazo J. A comparison of mechanistic signaling pathway activity analysis methods. Brief Bioinform. 2018 Jun 3. Ferreira PG, Muñoz-Aguirre M, Reverter F, Sá Godinho CP, Sousa A, Amadoz A, Sodaei R, Hidalgo MR, Pervouchine D, Carbonell-Caballero J, Nurtdinov R, Breschi A, Amador R, Oliveira P, Çubuk C, Curado J, Aguet F, Oliveira C, Dopazo J, Sammeth M, Ardlie KG, Guigó R. The effects of death and post-mortem cold ischemia on human tissue transcriptomes. Nat Commun. 2018 Feb 13;9(1):490. doi: 10.1038/s41467-017-02772-x. Hidalgo MR, Cubuk C, Amadoz A, Salavert F, Carbonell-Caballero J, Dopazo J. High throughput estimation of functional cell activities reveals disease mechanisms and predicts relevant clinical outcomes. Oncotarget. 2017 Jan 17;8(3):5160-5178. Salavert F, Hidago MR, Amadoz A, Çubuk C, Medina I, Crespo D, Carbonell-Caballero J, Dopazo J. Actionable pathways: interactive discovery of therapeutic targets using signaling pathway models. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):
Requisito imprescindible:
- Cumplir con los requisitos establecidos por la convocatoria.
- Expediente académico/CV competitivo, de acuerdo a los criterios establecidos en la convocatoria.
Requisitos deseables:
- Experiencia en bioinformática.
- Conocimiento de lenguajes de programación (Python, R).
- Experiencia en el manejo de bases de datos.
Contacto:
- Entrega de documentación y consultas en la siguiente dirección de correo electrónico:
secretariatecnica-clinbioinfosspa.fps@juntadeandalucia.es
Más información acerca del grupo de investigación: